应急处理系统针对突发公共卫生事件的管理，系统建设覆盖应急保障、监测分析、预测预警、应急处置、事件终止的全流程进行运行，循环反复不断提升系统的应急处理支持能力，实现“平战结合”，并能国家CDC或省级平台等相关系统进行数据交换，实现信息共享。 系统主体流程包括日常监测和预警、事件上报、应急处理、应急终止。应急处理包括应急响应、个案管理、任务管理、辅助决策等。